La función principal de este organismo es la de establecer y administrar un sistema de licenciamiento de las nuevas universidades, institutos profesionales y centros de formación técnica, que consiste en una supervisión integral que permite evaluar el grado de desarrollo de sus proyectos institucionales durante el periodo que fija la ley.

En el ámbito de la educación superior y dentro del marco que le define la LOCE, la misión del Consejo está orientada, esencialmente, a cautelar la fe pública depositada en las instituciones de educación superior y promover el desarrollo cualitativo de las instituciones adscritas al sistema de licenciamiento (antes llamado acreditación). Esto implica, por una parte, asegurar niveles básicos de calidad en los servicios que prestan las instituciones y entregar información completa, oportuna y confiable respecto del funcionamiento de las instituciones de educación superior, y, por otra, crear condiciones para el progreso e innovación en las instituciones.